L’ACAPS opère un contrôle sur la situation financière, l’émission et le recouvrement des cotisations, le règlement des dossiers, la constitution et la représentation des réserves et l’application des conventions conclues avec les prestataires de soins. Son action consiste également à veiller au respect des organismes gestionnaires de l’Assurance Maladie Obligatoire (AMO) des dispositions de la loi n°65-00 relative à l’AMO.
La gestion de l’AMO est confiée à la CNSS et à la CNOPS. Ces organismes sont soumis au contrôle technique de l’Autorité qui a pour mission de veiller au respect par ces organismes des dispositions de la loi n° 65-00 précitée et des textes pris pour son application.
Ce contrôle s'exerce sur pièces et sur place. Les organismes gestionnaires sont tenus de produire tous états, comptes rendus, tableaux ou documents de nature à permettre de contrôler la situation financière, l'émission et le recouvrement des cotisations, le règlement des dossiers, la constitution et la représentation des réserves et l'application des conventions conclues avec les prestataires de soins.

Le contenu et la forme des états, comptes rendus, tableaux et documents ainsi que leurs délais de production sont fixés par la circulaire du président de l’Autorité n° PS/9/21 du 26 septembre 2021 relative à l’organisation financière de l’AMO et aux documents à produire par les organismes gestionnaires de cette assurance.